В новый храм поступали пожертвования на церковные утварь и принадлежности, в том числе от известных в России людей. На одном из дареных потиров была выгравирована надпись: «Вклад Его Императорского Высочества Государя Наследника Цесаревича Великого Князя Николая Александровича в Петро-Павловскую церковь г.Шавли Ковенской губернии 1864 года». 12 апреля 1865 года Великий князь Александр Александрович передал в дар храму серебряную вызолоченную дарохранительницу. Серебряно-позлащенный напрестольный крест и напрестольное Евангелие в переплете накладного серебра пожертвовал граф Н.Д.Зубов.

7 мая 1867 года Петропавловскую церковь освятил епископ Александр (Добрынин), викарий Ковенский Виленской и Литовской епархии. Заботу о материальном обеспечении причта взяла на себя казна. В пользу общины были отписаны 200 гектаров земли с пахотными, сенокосными и пастбищными участками. Причту передали и 6 гектаров сенокосной земли, конфискованной у Шавельской (Шяуляйской) католической клебонии. За счет казны построили также два деревянных дома – для настоятеля и младшего причта.Прихожане шяуляйского храма имели возможность дать своим детям неплохое по тем временам образование. В городе и в уезде действовали восьмилетняя классическая гимназия с пятью параллельными классами, трехклассный женский пансион, церковно-приходское училище и семь народных училищ Министерства народного просвещения. В Петропавловской общине в то время состояло 583 человека.

Из памятных событий в жизни прихода последующих лет отметим, что в 1884 году Петропавловскую церковь посетил и присутствовал на молебне генерал-фельдмаршал Великий князь Николай Николаевич-Старший. В мае 1885 года в Шяуляй состоялись празднества по случаю тысячелетия памяти учителей словенских Кирилла и Мефодия. Как обычно, на православных торжествах присутствие всех учащихся и учителей города было обязательным. Состоялся парад местного пехотного полка. После богослужения в Петропавловской церкви собравшимся безвозмездно раздали 300 экземпляров жизнеописаний учителей словенских с иконками. Происходило все это вблизи католического костела как демонстрация Торжества Православия.

Шяуляйскому храму попрежнему помогали благодетели. В июне 1885 года икону Козельщанской Божией Матери подарил церкви виленский генерал-губернатор генерал-лейтенант С.Д.Семенов, а дворянка О.А.Щепинова преподнесла икону Казанской Божией Матери. В 1887 году приход за свой счет осуществил капитальный ремонт церковного здания. В алтаре устроили изразцовую печь, вновь переложили две печи у боковых стен, покрасили внутренние стены. Община по-христиански откликалась на несчастья православных в других приходах Виленской епархии. Например, в 1885 году в Петропавловской церкви провели так называемый кошельковый сбор, все средства от которого были отосланы гродненским погорельцам.

21 ноября 1878 года глава шяуляйской общины протоиерей.Василий Круковский освятил храм в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» на городском православном кладбище. Деревянная церковь была возведена на каменном фундаменте и отапливалась.Ее иконостас - деревянный, одноярусный выкрасили белой масляной краской. На стенах храма разместилось четырнадцать писанных на холсте икон в вызолоченных рамах. Примечательно,что 4 июня 1893 года на устройство колокольни шяуляйской кладбищенской церкви 200 рублей прислал протоиерей Иоанн Сергиев из Кронштадта. Само же кладбище возникло в 1831 году в северо-восточной части Шяуляй на кургане. В 1865 году к некрополю была проложена удобная дорога, а через год его обнесли земляным валом и построили деревянную сторожку. Первым захоронением стала Братская могила русских воинов, где погребены останки 21 офицеров и нижних чинов, павших в боях с польскими повстанческими отрядами. Здесь же были похоронены и 23 шяуляйских прихожанина, погибших от рук мятежников в 1863 году, во время второго Польского восстания. Памятник на Братской могиле появился не сразу, только 7 июня 1889 годаее увенчали композицией в виде двух, вытесанных из гранита, крестов. В тот день отмечалось 50–летие воссоединения униатов с Православием. В ходе торжеств состоялся Крестный ход, который От Петропавловской церкви проследовал к кладбищу, служилась панихида у могил павших. На следующий день на центральной городской площади, напротив церкви, состоялся благодарственный молебен. Словно подчеркивая важность события, по всему периметру площади выстроился пехотный полк в полной парадной форме с хором и оркестром...

Глава объединенного прихода Петропавловской и Скорбященской церквей протоиерей Василий Круковский скончался зимой 1896 года, от разрыва сердца, прямо в храме. В день своей кончины, случившейся Великим Постом, о.протоиерей еще служил великое повечерие с чтением канона Андрея Критского, а также утреню и первый час... Настоятелем в Шяуляй назначили священника Иоанна Александровского, до этого служившего в Ужпаляй. Однако в ноябре того же года о.Иоанн был переведен в Ужусаляй, а в Шяуляй прибыл священник Иосиф Ширинский.

В начале ХХ века Петропавловскую церковь задумали расширить, поскольку она не вмещала всех богомольцев. Составили смету: шяуляйскому приходу обещали помощь Ковенский губернатор П.А.Рогович и виленский генерал-губернатор князь Святополк-Мирский, посетивший церковь в мае 1904 года. Однако осуществиться этим планам не было суждено. Высочайший Указ о веротерпимости 1905 года и события Первой русской революции всколыхнули Россию. Неспокойно было и в Жемайтии. Особенно тяжко пришлось местным православным, как в самом Шяуляй, так и в окрестных местечках и селениях. Всюду открыто выражалось недовольство и русским языком, и «русской», то есть православной, верой. Православные боялись показываться на улицах и базарах. Им грозили поджогами, истреблением имущества, даже физической расправой, если они не покинут Жемайтию добровольно. Многие из учителей народных школ и волостных писарей спешно выехали в то время из Шяуляйского уезда. Ведь угрозы не были пустыми словами: бунтари убили волостного писаря, шяуляйского полицейского чиновника.

И все же православный приход в Шяуляй численно все увеличивался: люди искали надежного прибежища, нуждались в Божией помощи. В 1914 году в Петропавловской общине состояло 1284 человека. В разное время старостами храма избирались известные и уважаемые в городе люди, среди них – директора Шяуляйской гимназии, уездный надзиратель акцизных сборов, почетный мировой судья, начальник Инженерной дистанции, предводитель уездного дворянства и т.д.

С приближением фронта в августе 1915 года настоятель Петропавловской церкви о.Иосиф Ширинский эвакуировался вглубь России. Богослужения в Шяуляй прервались. Занявшие город немцы в здании храма размещали военнопленных. В ходе эвакуации православные успели вывезти в Россию часть церковного имущества, в том числе и колокола. Но церковную утварь отправить не удалось - во время оккупации паникадила, медные подсвечники, крещенская купель и т.д. – частью были вывезены в Германию, частью расхищены местными хулиганами. Из ворованных церковных облачений местные модницы пошили себе платья, блестящей парчой украшая свои наряды. Церковный архив, документы и библиотеку уничтожили оккупанты. От бомбежек пострадало и церковное здание: в крыше зияли пробоины, двери были повреждены, стекла выбиты. Вокруг храма образовалась свалка нечистот...

После Первой Мировой войны и революционных событий лишь немногие из довоенных священнослужителей смогли вернуться в Литву. Не возвратился и о.Иосиф Ширинский, поэтому 14 июня 1920 года управляющий Виленской епархией епископ Елевферий (Богоявленский) назначил временно заведующим Петропавловским приходом настоятеля Новоалександровской (Зарасайской) церкви священника Николая Савицкого с постоянным его местопребыванием в Шяуляй. Много энергии и настойчивости потребовалось от о.Николая, чтобы возобновить богослужения в полуразрушенном и оскверненном храме. Был объявлен сбор пожертвований на проведение неотложных работ: вставить стекла и починить церковные двери, чтобы защитить храм от визитов мародеров. Но прошло немало времени, прежде чем удалось собрать необходимые средства.

Прихожане, вернувшиеся после войны из России, превратились в бедняков - большинство из них лишились имущества, которым они когда-то владели. Довоенные чиновники не могли устроиться на казенной или общественной службе - власти молодой Литовской Республики не нуждались в услугах бывших царских служащих. Ранее принадлежавшие общине ферма «Гегужяй» и городские земельные участки, на которых стояли причтовые постройки, были конфискованы, а священнический дом сгорел еще во время войны. У прихода не было средств для содержания священника. О.Николаю Савицкому пришлось давать частные уроки для того, чтобы оплатить расходы по найму квартиры у домовладельца. Состояние прихода со стороны духовно-религиозной жизни также оставляло желать лучшего. Под влиянием неблагоприятных условий некоторые из тех из православных, кто не выехал в Россию, вынуждены были скрывать свою принадлежность к «русской» вере. Когда службы в Петропавловском храме возобновились, в праздничные и воскресные дни в церкви собиралось всего 10-15 богомольцев.

О.настоятелю предстояло сплотить православных, чтобы поддержать веру пасомых, вдохнуть в них любовь к своему храму, как к объединяющему центру духовной жизни. В приходе были заготовлены подписные листы на сбор пожертвований и квитанционные книжки, решили обратиться за помощью не только к православным, но и к иноверцам-евреям, чья диаспора в Шяуляй была многочисленной и влиятельной. Сбор таких пожертвований приняли на себя старший бухгалтер шяуляйского казначейства Николай Иванович Шавырин и сын священника Николая Савицкого – студент-медик Александр. Они обходили дома и магазины, разъясняя бедственное положение православной общины. В течение четырех месяцев удалось собрать средства на проведение самого неотложного ремонта церковного здания и подведение к нему электричества.

Внутреннее убранство храма попрежнему оставалось убогим. Отметим, что в царское время в Шяуляй существовало несколько церквей. Кроме Петропавловской и кладбищенской Скорбященской действовала церковь в мужской гимназии и Никольская военная окружная, сооруженная в 1908 году. Во время Первой Мировой войны немцы в окружной церкви устроили склад, затем в 1919 году передали здание полку литовской армии и преобразовали в костел св.Юргиса. О.Николай Савицкий обратился к ксендзу с просьбой вернуть из костела св.Юргиса хотя бы оставшиеся там предметы православного культа. К просьбе снизошли лишь отчасти: в Петропавловскую церковь перенесли Голгофу, две иконы, семисвечник, хоругви, несколько простеньких иконок из святцев. Но иконостас резного дуба с иконами и два больших киота римо-католики все-таки не вернули. Из Каунаса о.Николай привез священнические облачения, плащаницу, покрывала на аналои. Чтобы как-то оживить богослужения, на церковной звоннице на месте увезенных в Россию колоколов подвесили металлические балки и били по ним молотками. Но такие, с позволения сказать, «колокольные», звуки вызывали весьма иронические замечания со стороны католиков, идущих в костел.

22 сентября 1921 года последовало распоряжение главы православной епархии о том, что ввиду неявки к месту службы священник Иосиф Ширинский увольняется, и на должность настоятеля Шяуляйского прихода назначается о.Николай Савицкий, до того временно исполнявший обязанности. Но именно с этого церковно - административного акта начинается эпопея бюрократического крючкотворства и продолжительный период преследования о.Николая со стороны гражданских властей Литвы. Как утвержденный церковноначалием глава прихода, о.Николай обращается в Шяуляйскую городскую управу с просьбой о возвращении местным православным земельных наделов и всей недвижимости, принадлежавших ей до войны. Однако получает отказ на том основании, что священник не представил из Департамента вероисповеданий Министерства внутренних дел Литвы свидетельства, подтверждающего его назначение на приход. Напомним, что в то время Православная община Литвы не имела статуса юридического лица. И начальник Шяуляйского округа обращается в республиканские инстанции с вопросом: уполномочен ли совершать службы пастырь не зарегистрированной государством Церкви? В ответ из Департамента вероисповеданий поступает курьезная резолюция: «Свидетельство о назначении Н.Савицкого в Шяуляйскую церковь выдано быть не может, поскольку Церковь не существует как таковая».

Компетентные органы Литовской республики тщательно изучали биографии православных священников. Некоторым из них было отказано в возвращении к месту их довоенной службы именно по политическим соображениям. В Шяуляй пришел документ и от председателя Комитета охраны края, в котором сообщалось, что до войны священник Н.Савицкий был миссионером и характеризуется как русофил-черносотенец. Главе Шяуляйского округа было рекомендовано Н.Савицкого выслать из Литвы - как «персону нежелательную». О.Николая Савицкого вызвали в канцелярию округа, где ему было заявлено, что на основании распоряжения центральных властей православная община города должна быть ликвидирована, а ее глава обязан покинуть пределы республики.

В литовскую столицу-Каунас срочно отправилась делегация шяуляйского приходав составе о.настоятеля, церковного старосты и одного прихожанина. О.Николай вез с собой необходимые справки, подтверждающие, что он является литовцем по происхождению, и, следовательно, нет юридических оснований для высылки его за пределы страны. Шяуляйцы добились приема у министра внутренних дел. В итоге Петропавловская община все же была зарегистрирована в Департаменте вероисповеданий Министерства внутренних дел Литвы, а священнику Николаю Савицкому выдали специальное разрешение на совершение богослужений не только в Шяуляй, но также в приписных церквях Пасвалиса, Радвилишкиса, Титувенай, Таураге, Биржай. В июне 1923 года владыка Елевферий на литургии в Петропавловском храме во время малого входа торжественно возложил на о.настоятеля Николая Савицкого наперсный крест, которым тот был награжден за усердие по возобновлению жизни в шяуляйском приходе.

...Постепенно русско-православная диаспора Шяуляй приспосабливалась к новым условиям. В 1926 году после пяти лет просьб и ходатайств власти Шяуляй разрешили открыть в городе русское начальное училище. Пока там не было штатного учителя, с детьми зан имался о. Николай Савицкий. Затем учителем-педагогом назначили дочь священника Александра Дружиловского - Анастасию. Не прекращались заботы и о храме. В 1927 году провели его капитальный ремонт: выправили кресты на куполах, отремонтрировали крышу, поврежденную снарядами в ходе Первой Мировой войны, перестелили в церковном здании пол и покрасили внутренние стены. Средства для этого собрали на благотворительном вечере, устроенном Дамским комитетом, возглавляемом прихожанками графинями Зубовой и Нарышкиной. Доход от вечера выразился в круглой сумме три тысячи литов. Тогда же стала собираться и церковная библиотека, в основном из книг, принесенных верующими. В 1929 году приход отремонтировал сторожку на кладбище, оборудовав в ней еще несколько комнат для проведения заседаний Совета общины, спевок церковного хора. Теперь здесь могли останавливаться на ночлег сельские жители, приезжавшие на богослужения из дальних деревень.

В 1929 году Шяуляйское городское самоуправление выдвинуло претензии на участок земли под Петропавловской православной церковью. Мэрия задумала построить здесь здание магистратуры. В случае, если бы право на землю перешло к городским властям, храм пришлось бы сносить. Начались взаимные иски - православной общины, с одной стороны, городских и окружных властей - с другой. Разбирательства в судах различных инстанций длились в течение нескольких лет, пока в 1933 году Верховный трибунал Литвы не подтвердил решение Шяуляйского окружного суда, признавшего за городским самоуправлением право собственности на спорный участок.

В то время настоятелем прихода был уже протоиерей Александр Дружиловский, сменивший на этой должности протоиерея Николая Савицкого в 1932 году. В течение пятнадцати лет до Первой Мировой войны о. Александр Дружиловский возглавлял приход в Шкудах (Скуодасе). Священник продолжал служить в местной церкви, даже когда немцы оккупировали город. Но батюшку вскоре арестовали, предъявив ему обвинения в незаконной деятельности. В 1916 году о.Александр был вывезен в Германию, в трудовой лагерь в Фридриххофе, затем его перевели в лагерь неподалеку от Ганновера. Только в декабре 1918 года он был освобожден из заключения, и ему удалось из Германии перебраться в Литву.